В августе 1941 года он возглавил Лепельский подпольный райком, одновременно с марта 1942 года был командиром партизанского отряда № 68, с августа 1942 стал комиссаром Чашникской партизанской бригады Дубова, а в июле 1943 года — командиром Лепельской партизанской бригады.
Под его руководством и при непосредственном участии были разработаны и осуществлены многие боевые операции по разгрому немецко-фашистских гарнизонов, в том числе в Ушачах, Камене, Боровце и Пышне.
В декабре 1943 года Владимир Лобанок возглавил оперативную группу ЦК КП(б)Б и Белорусского штаба партизанского движения по Полоцко-Лепельской партизанской зоне, координирующую деятельность 16 партизанских бригад, в том числе во время Полоцко-Лепельской битвы 1944 года.
Под умелым руководством партизаны соединения сорвали многие операции гитлеровцев зимой и весной 1944 года.
За особенные заслуги в развитии партизанского движения полковнику Владимиру Лобанку в сентябре 1943 года Указом Президиума Верховного Совета СССР было присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда». Он был награжден также тремя орденами Ленина, орденом Октябрьской революции, орденом Суворова 1-й степени, Отечественной войны 1-й степени, тремя орденами Трудового Красного Знамени и многими медалями. Именем Владимира
Именем Лобанка названы улицы в Лепеле и Минске. В Минске на доме, в котором жил Лобанок, установлена мемориальная доска.
